После создания заявки я вижу сообщение «Ваша организация уже проходила ручную проверку ранее». Что это значит?

Это сообщение появляется, если вашу компанию ранее проверяли в рамках других процессов VK.
Уточните ваш ID профиля и ИНН — отправьте их в чат поддержки VK Бизнеc ID. Мы изучим ваш случай и вернёмся с ответом.